Zpočátku byl provozním souborem opery, ale již od roku 1927 uváděl samostatná baletní představení. Až do roku 1945 se ve vedení souboru vystřídala řada výrazných choreografických osobností – např. Vladimír Nechyba, Bohumil/Loris Relský nebo Jaroslav Häusler. Po 2. světové válce se soubor osamostatnil, uváděl vlastní premiéry, ale i nadále měl služební povinnost v operním a operetním repertoáru.

V dalších letech vedli soubor mj. Rudolf Macharovský a Josef Škoda (1960-1977), který na repertoár uvedl díla velkého klasického repertoáru i původní domácí tvorby. Po Josefu Škodovi vedl delší dobu soubor Karel Jurčík, který se svou dlouholetou interpretační zkušeností dával příležitost hostujícím choreografům, stejně tak jako jeho nástupce Emil Smetana. Ten přivedl do divadla mladého talentovaného choreografa Roberta Balogha.  

Balogh, který se svými invenčními opusy vymykal konvenční baletní praxi, choreografoval mimo jiné cyklus Roční doby v baletním večeru s Čajkovským. Výrazné místo v jeho tvorbě zaujímají i originální inscenace Dům Bernardy Alby, Čtyři poslední písně Richarda Strausse, Pták Ohnivák, Adagietto z V. symfonie G. Mahlera. Významné bylo i hostování estonského choreografa Ulo Vilimaa, které pokrývalo období i několika dalších šéfů (například Tiina, Coppélia). 

Po roce 1990 vedla soubor Kateřina Pelzerová, za jejíhož krátkého vedení byla posílena úroveň souboru o tanečníky z bývalého SSSR – někteří z nich se později projevili i jako talentovaní choreografové (Vasilij Medveděv, Igor Ostapenko). Po smrti K. Pelzerové (1993) vedl soubor bývalý sólista Jiří Sekanina. V tomto období utvářeli repertoár především hostující choreografové: např. Jiří Kyselák, Jiří Blažek, Libor Vaculík a Robert Balogh.  

Posledně jmenovaný byl pak ve vedení souboru v letech 2010-2018. Pro jeho inscenace bylo typické užívání hudebních koláží, autorství libret a vlastní režie. V této době uvedl např. balety Frida, Romeo a Julie, Rusalka, Spartacus, Dáma s kaméliemi a QUEEN – The Show Must Go On!  

Od ledna 2019 do prosince 2021 byl šéfem baletu bývalý první sólista pražského Národního divadla Michal Štípa. Za jeho vedení se soubor výrazně proměnil a zkvalitnil, a repertoár se obohatil o velké klasické tituly, pro které Štípa nacházel i vlastní úpravy libretistické a choreografické, např. Bajadéra, Giselle, Louskáček.  

Od ledna 2022 je šéfem baletního souboru Jan Fousek, dlouholetý sólista baletu Národního divadla Brno a pedagog Taneční konzervatoře Brno. Za svou bohatou jevištní kariéru získal také dvě Ceny Thálie – za rok 2006 ji získal za roli Smrti ve Svěcení jara L. Vaculíka a za rok 2011 za roli Vikomta Valmonta v Nebezpečných známostech Krzysztofa Pastora. Jeho snahou je stabilizovat kvalitní soubor a uvádět pestrý, vyvážený repertoár zahrnující jak klasické tituly, tak i díla neoklasická a moderní choreografie s důrazem na původní opusy. Za jeho vedení byly zatím uvedeny balety Obraz Doriana Graye kanadského choreografa a režiséra Paula Chalmera, Prokofjevovo a Vaculíkovo taneční drama Ivan Hrozný, a večer obsahující balety italských tvůrců – Bolero v choreografii Riccarda De Nigrise a Carmen, kterou připravil choreograf Giorgio Madia.  

Sólisté baletu získali v historii mnohá ocenění za své vynikající výkony včetně nejprestižnějších Cen Thálie – za rok 2016 Yui Kyotani za roli Kitri v Minkusově baletu Don Quijote a Sergio Méndez Romero v roce 2022 za hlavní roli v baletu Petra Zusky Sólo pro tři. 

Baletní soubor Moravského divadla patří v současnosti k významným uměleckým tělesům v České republice. Přesvědčivé a přitažlivé inscenační výsledky přinášejí baletnímu souboru uznání publika i odborníků a vysokou uměleckou i společenskou prestiž.